頂空進樣器清洗步驟如下：
1) 設置傳送帶溫度為60℃，設置樣品定量管和傳送管溫度為Off。
2) 一旦樣品定量管和傳送管溫度冷卻到低于 60℃, 關閉通往頂空進樣器的氣體，拆下出口端的放空管線。
3) 在傳送帶中插入u一個空的樣品瓶。
4) 用手提起樣品瓶。
5) 用一次性注射器抽取約6ml的純凈水注射進HSS放空管。
6) 降低樣品瓶然后取出來。重復步驟3到5(注射兩到三次將清洗*)。
7) 再設置一個空樣品瓶并提起，然后使用一次性注射器注射足夠的空氣將水吹掃出來。
8) 講傳送管一端插入一個燒杯或類似容器中，并使用一次性注射器從HSS氣體管出口注入約10ml 水，然后注入約10ml甲醇。
9) 使用一次性注射器注射足夠的空氣以吹掃出水。
10) 重新安裝好管線并打開氣流。然后，切換樣品瓶到Load-INJ反復幾十次以將水和甲醇全部吹出樣品閥和管線。
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